超净工作台在管理上应制定相应的监控规程。其主要内容如下

1.定期监测超净工作台、无菌隔离系统的内表面的微生物学质量及其内部的空气质量(粒子和微生物)要求所用的过滤器应能确保使大于等于0.3um的粒子的截留率达到99.97%以上。层流空气的流速必须足以取出工作空间的粒子。通常，在距滤波器下游15—30cm的平面(工作区)中，理想的层流速度应控制在0.36—0.54m/s之间

2.过滤器的完好性和层流速率应经过确认，在安装完备后须在使用现场进行完好性(泄漏)检查和过滤效率(性能)测试。此后必须定期进行此类测试(通常每半年至少检查一次)

3.日常管理造成设备运行不稳定，环境监测结果异常，微生物检测结果偏差呈上升趋势，必须进行健全性检测和性能测试。这种检测非常重要，可以有效地避免无菌操作带来的潜在污染风险。无菌作业时应同时监测操作区空气和操作台表面的微生物学质量，实验时应同时进行阴阳性对照试验。